EaseUSでクローンを開始して数分したらメッセージが表示される。
「パーティションにエラーがあります。ディスクレイアウトをリセットして下さい。」

これエラーじゃなくて(エラーに見えるけど)、ワーニングメッセージらしく、「OK」をクリックすると処理が進んで無事に終了。これが出ると、セクタバイセクタで処理が切り替わるっぽい(間違ってたらすまん)
どうもクローン元のディスクの状態に合わせて適宜切り替えて処理を行ってくれるっぽい。ちなみにデフラグを掛けたら次からでなくなったので、やはり元ディスクに問題あったようです。